Establece las políticas, directrices y metas de la Institución, necesarias para alcanzar los objetivos propuestos de acuerdo con los criterios que definen el Consejo Superior y el Consejo de Delegados, en cuyas deliberaciones participa. El Rector, Doctor Fernando Dávila Ladrón de Guevara, preside el Consejo Académico y es el representante legal principal de la Institución ante la comunidad académica nacional e internacional.

La Rectoría ejecuta las políticas, normas y procedimientos de carácter académico y financiero que surgen de la actividad universitaria. Es la encargada de llevar a cabo los procesos del plan de desarrollo institucional y administra los recursos humanos, físicos y financieros para alcanzar los niveles óptimos de crecimiento y calidad.